Software und Code für Nutzer
- BION Analysis Tools (BIONAT)
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BION Analysis Tools (short BIONAT) ist ein Python3 Paket, das von uns in erster Linie zu Datenmanagement-Zwecken genutzt wird.
Grundlegende Funktionen sind:
- Prüfung auf eingehende Daten und deren Konsistenz (z.B. DICOM-Daten vom MRT)
- Konvertierung von DICOM zu NIFTI
- Namensgebung der NIFTI-Dateien nach Vorgaben der Brain Imaging Data Structure (BIDS)
- Qualitätskontrolle, insbesondere SNR und Bewegung
- QA-Daten für Nutzer via BIONPROVE verfügbar machen
- BION Analysis Tools Extension (BIONATEXT)
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Das BIONATEXT Repository beinhaltet eine Sammlung von Programmcode, der Datenanalysen vereinfachen soll. Die primäre Sprache ist hier Matlab und es enthält derzeit
- Hilfsfunktionen für die Auswertung mit SPM
- Funktionen für den Zugriff auf Aufzeichnungen physiologischer Daten (Puls, Respiration über die PMU)
- Funktionen für den Zugriff auf das BrainVision Recorder Dateiformat
- Code Collection
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Am BION werden auch Entwicklungen unserer Nutzer gesammelt. Dies beinhaltet
- Code von Experimenten (z.B. Presentation)
- Analyse-Code (z.B. Matlab, Python)
- Entwickler und so weiter...
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BIONAT, BIONATEXT und BIONPROVE sind Entwicklungen von Mitarbeitern des BION. Alle sind über unser Wiki verfügbar (nur für Nutzer). Es gibt zusätzlich eine Sammlung von Matlab LiveScripts, die eine basale Einführung in die Programmierung geben.
Es ist grundsätzlich möglich, Programme für Analysen auf Anfrage zu erstellen.
Für Fragen zu allen Punkten bitte eine Email an BION Staff.